内部 人们通常采用10倍放大镜观察水晶内部，常见含有棉絮状包体或针状包体，只要看到里面有这些东西一定是天然水晶，而合成水晶非常干净。

　　颜色 天然水晶的颜色一般分布不均，常常伴有色带，而合成水晶由于是在相对稳定的条件下形成，其颜色均匀统一。无色水晶的颜色带有烟青色调，感觉柔和，而合成水晶发白而干。天然水晶贴在脸颊感觉冰凉，而合成水晶感觉温和。

　　硬度 可通过硬度刻划比较辨别水晶，例如用钢锉刻划水晶，然后观察水晶表面有没有留下印记，没有则说明其硬度为7。

　　双折射 可以在白纸上用笔画一条线，或用一根头发，然后把水晶放在上面观察，透过晶体观察，如变成双线，这是水晶的双折射现象造成，说明它不是玻璃，而均质体的玻璃则无此现象。

　　偏光镜 将水晶放在偏光镜的载玻片上，转动360度，会出现四明四暗现象，均质体物体则没有。

　　市场上合成水晶很多，其成本可能不低于天然水晶。常见的水晶仿制品更多，尤其市场常见一种所谓的水晶玻璃，就是水晶熔融后形成的非晶质的二氧化硅，它是一种高硅玻璃，其实不是水晶。

　　还有一些高档饰品是一种人造铅玻璃饰品，叫奥地利人造水晶，相对密度3，硬度5.2，折射率1.585，色散0.022；这种产品有着上百年的制作工艺和品牌的影响力，但它并不是水晶而是制作精良的玻璃。还有一种大西洋水晶，其实是一种含Al的玻璃制品，其铝含量高达32%。